轉型正義主要方法包括了審判、賠償、調查真相、紀念等，有的國家是只採用一項，有些國家則合併採用多項，因為不同的國家有不同的歷史和政治環境，需要以不同方式處理。
再者，轉型正義通常是高度政治敏感的，特別是處理與前政府及前政權關係密切的利益團體，因此需要非常謹慎。在實證上，東歐的新興民主國家、南非等都按此原則實施轉型正義。
※審判：
◎在國內，或在國際間，對迫害者予以審判。
A. 國際性的審判如：國際刑事法院。
綜合的審判方式（Hybrid Tribunals）：以國際法在犯罪發生當地予以審判。例子有：科索沃、波士尼亞、柬埔寨、盧安達、黎巴嫩、獅子山共和國、東帝汶等。
B. 國內性的審判如：
1. 伊拉克臨時政府特別法庭對薩達姆•海珊的審判。
2. 中非共和國刑事法院對前中非皇帝博卡薩的審判。
3. 阿根廷對前總統魏地拉等軍政高層的審判。
4. 瓜地馬拉對前總統里奧斯•蒙特的審判。
5. 韓國對光州事件加害者的審判，對前總統全斗煥、盧泰愚的審判。
6. 秘魯對前總統藤森謙也的審判。
7. 智利對前總統皮諾切特的審判。
8. 埃及對前總統穆巴拉克的審判。
※沒收財產：
◎在國內，沒收迫害者不當取得的財富。
1. 南韓的親日反民族行為者財產歸屬特別法將親日派財產沒收為國家財產。
2. 德國透過政黨法追討前東德專政政黨德國統一社會黨之黨產，並延續到德國統一後。
3. 臺灣(中華民國)在民進黨執政時，對於中國國民黨黨產爭議、政黨及其附隨組織不當取得財產處理條例、不當黨產處理委員會的立法與作為。
※調查真相：
◎經由國內外的實際訪查，與相關機密檔案的解密，對於過去犯行的史實予以公諸於世。
1. 祕魯真相及調解委員會（Peru Truth and Reconciliation Commission），透過各地地方的辦公點，蒐集了17000受害者的口述。
2. 西班牙的「歷史記憶法」，此案正式譴責獨裁者佛朗哥將軍，給予他執政40年間的受害者平反及賠償。
3. 杜圖總主教所領導的南非「真相暨和解委員會」
4. 東帝汶於2002年成立「接受、真相及和解委員會」
※紀念：
◎經由建造紀念碑及博物館等方式來保存過去的記憶，或是國定假日。
1. 以色列猶太大屠殺紀念館。
2. 中華民國的二二八和平紀念公園及和平紀念日。
※回復名譽及移除象徵物：
◎扭轉迫害者的形象、象徵至負面，使其形象符合史實，或符合國內當權政治團體的意識形態。
1.西班牙的「去佛朗哥化」。
2. 韓國的「去李承晚化」活動。
3. 保加利亞及蒙古拆除季米特洛夫與喬巴山的陵寢。
4. 阿爾巴尼亞的薩利•貝里沙當選總統後即著手落實「非共化」及對恩維爾•霍查的紀念進行一系列的清算。
5. 臺灣民進黨政府「去蔣化」，移除或拆除蔣中正與蔣經國銅像。
6. 蘇聯的去列寧化及去史達林化。
7. 前蘇聯的加盟共和國及全球各地社會主義國家去共化，移除馬克思、恩格斯、列寧、史達林及該國共產黨領袖的相關思想、遺跡、肖像或銅像。
※賠償：
◎對受害者提供包括：金錢賠償，名譽回覆，重新安置，或給以象徵式的補償。
1. 國際刑事法院所屬的受害者基金（ICC Trust Fund for Victims）
※系統改革：
對系統的改革包括：對腐敗，濫權，無能等曾參與過去迫害犯行的的軍警，官員及任職於司法體系的人給予革職，整肅。其實這也是新政府自保，避免這些人及威權政府的支持者以各種手段惡整過去的反對黨。
1. 捷克於1991年通過《除垢法》，限制曾於威權政府時期任職情治或特務機構的情治人員、線民，或前捷克斯洛伐克共產黨黨工的工作。
2. 前東德的司法人員也有許多因此被淘汰。
◎鼓勵敵視的族群聚落重修舊好，其中包括了經由法律上對受害者的輔助，和社會改革。
◎對有性別差異的加害予以認知，藉以對女性受害者伸張正義。
其中很可能造成副作用的是若全面公布過去的線民，嚴重傷害人與人之間的信任；因為在威權體制下，許多人根本無法拒絕成為線民，一些線民也只是通告威權政府單純的犯罪行為；許多反對人士也會私下與威權政府溝通、周旋，許多被威權政府視為線民的反對者，其實只是異議人士與威權政府的傳話者。